গোয়েন্দা বিভাগের তথ্য অনুযায়ী, জঙ্গীরা প্রাক্তন রাষ্ট্রপতিকে হত্যার চক্রান্ত করেছিল. ইসলামাবাদে “লাল মসজিদে” রাডিক্যাল ইস্লামপন্থীদের বিরুদ্ধে সামরিক অভিযান চালানো হয়েছিল ২০০৭ সালের জুলাই মাসে, যখন মুশরফ ছিলেন রাষ্ট্রপতি. বিশেষ বাহিনী বহু দিনের অবরোধের পরে মসজিদ আক্রমণ করে তা নিয়ন্ত্রণে আনে. সে সময়ে নিহত হয়েছিল প্রায় ১০০ জন. সেপ্টেম্বর মাসে পাকিস্তানের পুলিশ মুশরফের বিরুদ্ধে অভিযোগ তোলে মুসলমানদের ধর্মীয় নেতা আব্দুল রশিদ এবং তার মা-কে ঐ অভিযানের সময় হত্যা করার. মুশরফের বিরুদ্ধে তিনটি মামলা রয়েছে: প্রাক্তন প্রধানমন্ত্রী বেনাজির ভুট্টো-কে হত্যার মামলা, বেলুচিস্তান প্রদেশের জাতীয়তাবাদীদের নেতা আকবর বুগতি-কে হত্যার মামলা, এবং ২০০৭ সালে জরুরী অবস্থা জারি করা ও সর্বোচ্চ আদালতের বিচারকদের গ্রেপ্তারের মামলা.