তুরস্কের সাথে ইস্রাইলের কোনো বিতর্ক নেই, যদিও তার পররাষ্ট্রনীতি সমর্থন করে না. এ সম্বন্ধে শুক্রবার সাংবাদিকদের বলেছেন মস্কোয় সরকারী সফরে অবস্থিত ইস্রাইলের পররাষ্ট্রমন্ত্রী আভিগদোর লিবেরমান. মন্ত্রী তাছাড়া উল্লেখ করেন, “তুরস্কের পররাষ্ট্রনীতি প্রভাবিত করতে আমরা চাই না, এবং হয়তো পারবও না”. তিনি জোর দিয়ে বলেন যে, ইস্রাইল অন্যান্য রাষ্ট্রের নীতিতে হস্তক্ষেপ করে না. সম্প্রতিকাল পর্যন্ত সামরিক-রাজনৈতিক ক্ষেত্রে সহযোগিতা করা তুরস্ক ও ইস্রাইলের মাঝে সম্পর্কের অবনতি হয়েছে ২০০৮-২০০৯ সালের শীতকালে গাজা অঞ্চলে ইস্রাইলের অভিযানের পরে. এ সম্পর্ক আরও জটিল হয়ে ওঠে অবরুদ্ধ গাজা অঞ্চলে মানবতাবাদী সাহায্যের মালপত্রবাহী ছয়টি জাহাজ সম্বলিত “মুক্তির নৌবহর” মে মাসে আটক করার পরে. ইস্রাইলী বিশেষ বাহিনীর ঐ অভিযানের ফলে নৌবহরের নয়জন তুর্কী নিহত হয়েছিল.